Τα πιστοποιητικά που απαιτούνται από τα τελωνεία για να πραγματοποιηθεί η εξαγωγή εξαρτώνται από το είδος του προϊόντος και τη χώρα προορισμού. Για το λόγο αυτό κάθε εξαγωγέας πρέπει να συμβουλεύεται έναν εκτελωνιστή για τις διατυπώσεις και τα δικαιολογητικά που απαιτούνται κατά περίπτωση. Τα κυριότερα πιστοποιητικά είναι τα εξής:

1. Ενιαίο Διοικητικό Έγγραφο (Ε.Δ.Ε.). Προκειμένου να εξαχθούν προϊόντα προς Τρίτες Χώρες είναι υποχρεωτική η κατάθεση του Ενιαίου Διοικητικού Εγγράφου (Ε.Δ.Ε.) και παράλληλα να προσκομιστεί δισκέτα, στην οποία θα εμπεριέχονται τα στοιχεία του Ε.Δ.Ε., στο Τελωνείο που θα έχει την καθ’ ύλη και κατά τόπο αρμοδιότητα. Το Ε.Δ.Ε. ονομάζεται διασάφηση/δήλωση και ο διασαφιστής ή ο νόμιμος αντιπρόσωπός του έχει υποχρέωση να γνωρίζει τις απαραίτητες θέσεις και ενδείξεις συμπλήρωσης της διασάφησης, ανάλογα με το τελωνειακό καθεστώς στο οποίο ζητά να υπαχθούν τα εμπορεύματα.
2. Πιστοποιητικό κυκλοφορίας εμπορευμάτων EUR 1 & ATR 1. Τα πιστοποιητικά κυκλοφορίας EUR 1 & ATR 1 θεωρούνται από τις τελωνειακές αρχές του κράτους εξαγωγής, κατά την εξαγωγή των εμπορευμάτων τα οποία αφορά. Δίδονται δε στον εξαγωγέα μόλις πραγματοποιηθεί ή εξασφαλιστεί η πραγματική εξαγωγή. Η διαφορά των δυο πιστοποιητικών είναι στη χώρα προορισμού των εμπορευμάτων καθώς το EUR 1 είναι απαραίτητο για εξαγωγές στις χώρες ΕΖΕΣ και χώρες με σύμβαση ενώ το ATR 1 αφορά εξαγωγές στην Τουρκία.
3. Πιστοποιητικό  Τ5. Είναι έγγραφο  παρακολούθησης της διακίνησης αγροτικών προϊόντων, καθώς και προϊόντων που δικαιούνται κοινοτικής επιδότησης. Επίσης, με το ίδιο έγγραφο παρακολουθούνται τα προϊόντα κοινοτικής παρέμβασης. Εκδίδεται από το τελωνείο εξαγωγής στην περίπτωση που το προϊόν διασχίσει πριν εγκαταλείψει το τελωνειακό έδαφος της κοινότητας, κοινοτικά εδάφη, άλλα από αυτό του κράτους μέλους εξαγωγής.
4. Κοινοτική διαμετακόμιση Τ2L. Ο κοινοτικός χαρακτήρας εμπορεύματος αποδεικνύεται με την προσκόμιση παραστατικού Τ2L. Απόδειξη ότι τα εμπορεύματα βρίσκονται σε ελεύθερη κυκλοφορία εντός της Κοινότητας πρέπει να κατατίθεται στις αρμόδιες αρχές. Αυτή η απόδειξη μπορεί να λάβει τη μορφή παραστατικού T2 (Τ2F) σφραγισμένου κατάλληλα από το τελωνείο αναχώρησης στην Κοινότητα ή του πρωτότυπου παραστατικού T2L ή ισοδύναμου εγγράφου.